PDFlib で入れ子になったしおり付きの PDF ファイルを生成する方法です。
ファイルの文字コードが utf-8 の場合、下記のように、set_parameter関数を使って、hypertextformat に utf8 を指定してください。

$p->set_parameter("hypertextformat", "utf8");

入れ子にする親要素を create_bookmark関数の返り値から変数に保持します。

$bm_sec_1 = $p->create_bookmark('セクション１', 'destination={page 1}');

begin_page_ext関数と end_page_ext関数の間で、create_bookmark関数を呼び出す際に第２匹数にオプションとして以下のように入れ子にする親要素を指定すると、ページに対応したしおりが入れ子になって生成されます。

$p->create_bookmark('１−１', "parent=$bm_sec_1");

冒頭でdefineで定義している、CMapsのパスを適切に変更して利用してください。