java.io.InputStreamReaderのコンストラクタの引数のString charsetNameに"JISAutoDetect"を入れることで一応自動認識するらしいですが、実際にやってみたところやはりうまくいきませんね。

import java.io.BufferedReader;
import java.io.ByteArrayInputStream;
import java.io.InputStream;
import java.io.InputStreamReader;

public class Test {
    public static void main(String[] args) throws Exception {
        String src = "ソースカツ丼";
        String[] encoding = new String[] { "Shift_JIS", "EUC-JP", "UTF-8", "JIS" };
        
        for (int i = 0; i < encoding.length; i++) {
            byte[] b = new String(src).getBytes(encoding[i]); 
            InputStream is = new ByteArrayInputStream(b);
            InputStreamReader isr = new InputStreamReader(is, "JISAutoDetect");
            BufferedReader in = new BufferedReader(isr);
            String s = in.readLine();
            System.out.println(encoding[i] + ": " + s);
        }
    }
}

結果：Shift_JISとJISのみ正常

■G-PROJECT■ -日本語文字コードの判別 http://www.gprj.net/dev/tips/other/kanji.shtml

ServletとJSPにおける文字化けについて http://www.ingrid.org/java/jserv/i18n/corruptedchar.html

↑このあたりを参考にして判別コードを書くしかないのかもしれません。

返信ありがとうございます！
hasekenさんのソースコードで問題無く動きました。

Shift_JISとJISのみ正常ですか･･･
実はWindows上のファイルしか試していないんですが、
そうなると"JISAutoDitect"を使っているhasekenさんのソースコードも
同じバグを抱えているんでしょうか･･･？

返信が遅くなてすいません。
なるほど・・・今のままではちょっと要求に足り無そうなので、保留しておきます。
解説ありがとうございました。