Javaに限ってになりますが、通信用のパラメータを独立したBeanにして委譲させた際、getterで本物をそのまま返すと設定値が換わってしまうので、clone値を返却するということをしたことがあります。

いろいろ理解不足なんですが・・・
ruby で試してみました。

まずはirbを実行
userに名前を設定して、user2 に代入、user2に新しい名前を設定

-- 例１
>> user = "tanaka"
=> "tanaka"
>> user2 = user
=> "tanaka"
>> user
=> "tanaka"
>> user2
=> "tanaka"
>> user2 = "yamada"
=> "yamada"
>> user == user2
=> false
>> user
=> "tanaka"
>> user2
=> "yamada"

user は "tanaka" のまま、user2 は "yamada" に変更になりました。
自分の中では当たり前じゃん！っと言った感じです。

で、次
同じように、userに名前を設定して、user2 に代入、user2に新しい名前を設定
ただし今回はハッシュを使いました。

-- 例２
>> user = {"name" => "tanaka"}
=> {"name"=>"tanaka"}
>> user2 = user
=> {"name"=>"tanaka"}
>> user
=> {"name"=>"tanaka"}
>> user2
=> {"name"=>"tanaka"}
>> user2["name"] = "yamada"
=> "yamada"
>> user == user2
=> true
>> user
=> {"name"=>"yamada"}
>> user2
=> {"name"=>"yamada"}

user2 の名前を変更すると、user の名前も変更になっちゃいました。
で上記の、「user2 = user」 の部分を 「user2 = user.clone」 とすると
user2 の名前を変更しても、user の名前は変更されないわけです。

自分の中では例１で user の名前が変更されなかったので、例２でも当然 user の名前は変更されないだろうと思っていたのですが・・・
clone は解決したとして、この辺り説明できる方いらっしゃいますか？

いにしえからやっていらっしゃる方なんかは、
「そんなの当たり前じゃん！」と言うかもしれませんが・・・
どうぞよろしくお願いします。

4の例2について。

user2 = user
というのは、「userが指しているオブジェクトを、user2も指すようにする」ということで、両方同じオブジェクトを指しています。
その上で、
user2["name"] = "yamada"
と、「user2の指しているオブジェクトをこのように変える」だと、「あ、それってuserも指してたよね」なので。

例1だと、
user = "tanaka"  「userが"tanaka"を指すようにする」
user2 = user     「userが指しているオブジェクトを、user2も指すようにする」
user2 = "yamada" 「user2が"yamada"を指すようにする」
と、最終的に両者は別の物を指しています。